
Heydər Əliyev 1990-cı ilin 20 yanvarında sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciə ilə əlaqədar ertəsi gün Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb edib.
O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk edib. 1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşayıb, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilib. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olub.
Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilib.
1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçilən Heydər Əliyev, iyulun 24-də parlamentin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başlayıb. 1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib.
O, 1998-ci il oktyabrın 11-də keçirilən növbəti prezident seçkilərində yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib. 2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən prezident seçkilərində namizədliyinin irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə əlaqədar seçkilərdə iştirak etməkdən imtina edib.
ABŞ-ın Klivlend klinikasında uzun müddət müalicə olunan Heydər Əliyev 2003-cü il dekabrın 12-də dünyasını dəyişib.










